Visualizza molecole e strutture cristalline. Include 19 esempi che evidenziano la bellezza della struttura chimica, dal DNA ai superconduttori ai materiali di uso quotidiano come il sale e lo zucchero. Ogni esempio viene fornito con una breve descrizione della storia e del significato del composto per la chimica, la biologia o la scienza dei materiali.
Atom 3D consente di importare geometrie molecolari da XYZ e semplici file PDB (Protein Data Bank).